Le Conseil Général des Bouches-du-Rhône s'est vu confier le fonctionnement de la Bibliothèque Centrale de Prêt (BCP), devenue Bibliothèque Départementale de Prêt (BDP), en 1986, en vertu des lois de décentralisation.
Celle-ci avait été créée en 1945 ; elle était alors un Centre Régional des Bibliothèques. En 1946, elle est transformée en Bibliothèque Centrale de Prêt comme les neuf autres Centres Régionaux, portant ainsi à 17 le nombre de BCP. Le réseau national des biblioithèques départementales ne sera achevé qu'en 2000 avec l'ouverture de la bibliothèque de Mayotte.
A sa création, la BCP des Bouches-du-Rhône est installée dans une salle de la bibliothèque municipale mise à disposition par la mairie de Marseille. En 1958, elle bénéficie du premier bâtiment construit en France pour cet usage : 600 m2 intégrés à la bibliothèque universitaire, réalisée par l'architecte Fernand Pouillon. En 2006, la Bibliothèque départementale déménage sur le site d'Euroméditerranée pour partager avec les Archives départementales – une première en France – un superbe bâtiment conçu en plein coeur de Marseille par l'architecte marseillaise Corinne Vezzoni.
Une annexe a été créée en 1973 partageant ses locaux avec la bibliothèque municipale d'Istres qui deviendra très rapidement la tête de réseau des bibliothèques du SAN (Syndicat d'Agglomérations nouvelles Istres, Fos et Miramas). Après occupation de locaux provisoires de 1992 à mai 1995, l'annexe occupe un bâtiment qui lui est entièrement dédié à Saint Rémy de Provence.
Depuis 1986, la bibliothèque est un service du Conseil Général des Bouches-du-Rhône, rattaché à la Direction de la Culture, elle-même rattachée à la Direction Générale adjointe du Cadre de Vie. L'ensemble du personnel relève de la fonction publique territoriale.